Del Collegio, che ancora oggi funge da fondale scenico a ciò che rimane dell’antica Piazza San Francesco, si hanno notizie certe solo a partire dal 1636, quando l’estense Andrea Bortoloni, membro di una ricca e nobile famiglia del luogo, divenuto frate Minore Conventuale, diede inizio alla costruzione del monastero e fu anche insegnante per quaranta anni nel convento.
Riguardo al progetto dell’edificio, si ritiene probabile che Vincenzo Scamozzi, ovvero il continuatore della tendenza classicista Palladiana nel Veneto, lo abbia fornito a quello che poi fu l’esecutore in loco del progetto, ovvero Antonio Zuccato.
Il linguaggio classicista dello Scamozzi si intravede in modo particolare nel chiostro del convento, caratterizzato da elementi tipici come l’utilizzo degli ordini sovrapposti, dorico nel registro inferiore e ionico in quello superiore, le finestre timpanate con balaustra e doppio cornicione a fascio con dentellatura terminale.
Sul perimetro del chiostro si aprono i tre accessi all’edificio e l’Aula Magna, al cui interno si può ammirare la tela con la “Cena in Emmaus”, posta sulla parete di fondo della grande stanza. Il tema del dipinto e le dimensioni dell’ambiente ci indicano chiaramente che questo era il refettorio del convento, al quale si affiancava la cappella dedicata alla Vergine.
Il primo piano invece era adibito a dormitorio per i giovani che studiavano all’interno del collegio.
Il Chiostro di San Francesco ospita oggi eventi, spettacoli, convegni e incontri culturali.