La chiesetta seicentesca è il residuo di un piccolo convento carmelitano che fungeva da foresteria per ospitare i confratelli nei loro spostamenti. La zona della Restara era importante per Este, costituendo una sorta di infrastruttura portuale, di cui il convento e la chiesa erano il punto di riferimento, insieme ai mulini sull'innesto del canale. Oggi la compresenza spigolosa di religioso e produttivo rimane solo nei muri, restaurati (della Chiesetta) o nuovi (dov'erano i mulini).
La prima chiesa risale all’inizio del seicento. Doveva essere un edificio piuttosto semplice, a navata unica come l’attuale, costruito con muratura mista in pietra e laterizio, come ancor oggi si può vedere nelle pareti laterali conservate. Nel settecento viene dato seguito all’ampliamento della Chiesa, consistente nell’impostazione della nuova facciata, nell’inserimento di due altari lungo le pareti di navata, due confessionali lignei e un pregevole controsoffitto ligneo a cassettoni finemente decorato. All’interno dell’attuale chiesa vi è anche un pregevole pavimento in terrazzo alla veneziana con disegno a rombi alternati bianchi e rossi. Nella zona di pavimento antistante al presbiterio sono riportate due date, di cui una richiama il 1610, la medesima di quella indicata nella lapide già menzionata, l’altra è il 1860 preceduta dalle lettere AN.
Il rapporto della chiesa con il canale Bisatto è storico e rimane ancora oggi leggibile dallo scorcio che si può godere dal Ponte delle Grazie. Basta immaginare che il muro d'argine non ci sia e la chiesa diventa il fondale della via d'acqua, come se fosse una strada.
La chiesetta, come detto ben più piccola dell'odierna, era fuori dalle Mura ma situata strategicamente, al bivio delle strade per il sud ma soprattutto alla Restara, cioè in un punto di sosta delle barche che si muovevano lungo il canale Bisatto, e annessa ad un convento Carmelitano di cui da tempo non vi é più traccia.
Il carattere rurale della chiesa, come fosse di una frazione, anche se a pochi metri dal centro storico é abbastanza evidente ancor oggi ed é confermato dalle feste che si associano alla borgata, alla sagra delle "brombe", le susine dorate che si producono nei broli della zona e che vengono benedette prima di essere messe sui banchi per la festa.
La chiesa è stata storicamente associata ai Mulini della Restara, letta come un annesso al grande complesso produttivo. Oggi la chiesa è stata restaurata e riaperta (2015), ma l'intervento trasformativo sui Mulini la sovrasta, anche se le forme sono ormai così estranee tra loro da consentire a ciascun edificio di mantenere la propria individualità. Salta subito all'occhio, in effetti, la potenza di segnale antico e ben riconoscibile della Madonna appoggiata alla cuspide del frontone delle chiesa, messa a confronto con le forme nuove e incombenti dei nuovi edifici, ripetitive e alla fine banali.