L'unica testimonianza romanico-gotica di Este, almeno per la parte absidale e il campanile. Una chiesa originaria "longobarda" citata sin dal secolo IX. In antico la chiesa, eretta su un piano di almeno un metro più basso dell'attuale piano stradale, era collegata con un convento femminile.
Il campanile caratterizza la chiesa da secoli per la sua pendenza, forse già accentuata intorno al 1300.
La chiesa rivolge la parte absidale e il campanile alla trafficata via Principe Umberto, tanto che le cartoline d'epoca riportano quel lato piuttosto che la facciata, poco conosciuta perchè molto semplice e più lontano dal passaggio.
Le navate sono probabilmente rifatte nei secoli successivi al 1300, mentre il campanile e la parte absidale sono precedenti. Il campanile è alto quasi 24 metri e pende in modo pronunciato da almeno sette secoli, consolidato da numerosi restauri. Un fulmine nel 1619, oltre a danneggiare la cella campanaria, "fece slargar dal muro della chiesa detto campanile per tre bone ditta", scrive Agostino da Vò nella sua Cronaca.
La pianta è di estrema semplicità. Il presbiterio absidale e il campanile hanno murature di adeguato spessore, mentre le murature della navata e della facciata sono più sottili e incerte, a testimonianza di una diversa capacità delle maestranze e della capacità di investimento nella seconda fase di costruzione (o ricostruzione).
La facciata è probabilmente più tarda della parte absidale. La muratura più modesta e l'assenza di decorazioni indicano una fase successiva, probabilmente di maggiore povertà o di urgenza dell'intervento rispetto a quello originario.
Il presbiterio absidale è un cubo sormontato da un cilindro che contiene la volta semisferica. Sia la tipologia che i materiali e le decorazioni collocano la costruzione di questa parte (e del campanile) alla fine del 1200 (una lapide murata nella parete nord data 1293).
La chiesa è a tre navate, separate da pilastri in muratura, con ridottissime decorazioni. La parte absidale è formata da un cubo sormontato da una semisfera della cupola, in parte decorata a stelle e con un cielo. Anticamente l'abside era affrescata, mentre rimane visibile un affresco trecentesco di Cristo in croce nella cappella laterale, di S.Lorenzo.
A sinistra dell'altare, un frammento di affresco trecentesco con una figura femminile sanguinante e crocifissa: S. Margherita d'Antiochia (martire del IV secolo), molto venerata nel Medioevo.
