Nel 1297 era presente una pieve intitolata alla Vergine Maria a cui erano soggette le chiese minori di Cortelà e Castelnuovo.
Due secoli più tardi, nel 1536, l'allora arciprete Francesco Riorno decise di rinunciare alla parrocchia e ai suoi beni immobili che, per decisione di Papa Paolo III, venne sottoposta al Monastero Olivetano del Monte Venda.
Quando nel 1771 la repubblica Veneta decretò la soppressione del Monastero, la parrocchia di Boccon tornò sotto il controllo territoriale della diocesi di Padova; tuttavia, la famiglia Erizzo, proprietaria dei beni del monastero, rivendicò il giuspatronato sulla chiesa.
L'edificio fu oggetto di un profondo rinnovamento negli anni trenta del XX secolo.
