E' posta sulla sommità del colle sovrastante la città, sistemato e coltivato secondo un disegno che esalta la posizione e il poliedro "perfetto" dell'edificio. La villa fa parte delle tenute Contarini, di nobiltà veneziana importante, tanto che il nome "del Principe" attribuito alla villa dipende dall'elezione a Doge di Venezia di Alvise Contarini, nel 1676, mentre era in villeggiatura ad Este. Eretta negli ultimi decenni del 1500, forse su disegno di Vincenzo Scamozzi, è ampliata e rimaneggiata nei secoli successivi.
La posizione di vetta e la sistemazione del versante a mezzogiorno, con il viale in pendenza che attraversa i filari in grande visibilità, potenziano il ruolo di segnale dell'edificio, risaltante anche se di piccole dimensioni (rispetto alle altre ville sottostanti).
La costruzione originaria appare perfettamente inserita nel parco di contesto, mentre il piano aggiunto del corpo longitudinale a nord ha un impatto notevole, nonostante le dimensioni relativamente ridotte, anche data la posizione già molto emergente dell'intero complesso.
L'impianto è quasi unico nel Veneto occidentale: un quadrato con croce greca inscritta, al quale è addossato sul lato settentrionale un corpo rettangolare, poco profondo ma sporgente rispetto al quadrato retrostante. La pianta è rigorosamente simmetrica: la croce greca della sala centrale occupa 5 dei 9 quadrati che formano il quadrato fondamentale, con volte a botte.
In questo modo la villa sembra una macchina per l'homo novus rinascimentale, una scena dove le scale e le porte in asse esaltano la centralità della sala a croce, una sorta di ombelico che traguarda il mondo ai 4 venti.
La facciata a mezzogiorno, replicata esattamente a est e a ovest, propone in un insieme severo le proporzioni e le figure più semplici del classicismo veneto: il timpano su cui all'interno si intesta la volta a botte della sala centrale, il ritmo uguale delle aperture e gli allineamenti in altezza dati dal grande cornicione e dal basamento in bugnato.
Le porte (le uniche aperture con l'arco) e la scala di ingresso segnano l'asse di simmetria che si riproduce senza cedimenti all'interno.
Per come appare dall'esterno, l'edificio ha vissuto due fasi costruttive: la parte più antica è quella rivolta a sud, mentre la parte nord è stata costruita successivamente e più volte rimaneggiata nei secoli. La villa si trova al centro di un'ampia corte lastricata in trachite e si presenta come un blocco quadrangolare con facciate timpanate precedute da scalinate: la zoccolatura leggermente sporgente, i portali e le finestre sono decorati da conci a bugnato.
Dalla città la villa, piuttosto lontana, si riconosce per la vegetazione e per la traccia dei filari che salgono sino alla terrazza, che formano una prospettiva ancora bene leggibile, nonostante il crescere della vegetazione lungo il versante, in origine coltivato e ordinato.
E' una delle inquadrature più ricercate di Este, perchè presenta un'immagine intatta non solo di un monumento, ma di un ambito paesaggistico affascinante. In effetti le pendici del Monte Cero alle spalle del centro storico si presentano poco alterate rispetto al 1700: le poche costruzioni recenti sono quasi invisibili e il verde dei giardini si fonde con quello dei coltivi quasi in abbandono.
