La Chiesa di San Michele Arcangelo nasce come oratorio privato, adiacente alla villa padronale, verosimilmente fatto costruire intorno al 1570 da Vincenzo Morosini, considerato il “fondatore” di Barbona. Nel 1631, come risulta dalla lapide infissa nel muro della facciata, venne costruita la prima chiesa, dedicata a S. Michele Arcangelo, eretta per interessamento di Michiel Morosini (1607- 1686).
Per darle più lustro, Barbone Morosini (n. 1688) ottenne nel 1732 dal papa Clemente XII il corpo di s. Giustino, un soldato martire e filosofo, vissuto tra il 100 e il 165 d.C., anno in cui fu decapitato. S. Giustino è tuttora venerato a Barbona.
Il Papa, oltre al corpo di S. Giustino, concesse una reliquia di s. Pietro I Orseolo, che fu doge di Venezia tra il 976 e il 978.
La chiesa fu abbattuta nel 1886 dal Genio Civile di Este per rafforzare l’argine dell’Adige, a cui era addossata, dopo la tremenda inondazione del fiume, che nel 1882 aveva causato rilevanti rovine. Nel dicembre 1886 fu benedetta la prima pietra di una nuova chiesa, l’attuale, anche questa, come la precedente, con cinque altari, ma più ampia.
La Chiesa conserva opere di Francesco Fontebasso, Sebastiano Ricci, Migliolaro, oltre ad un prezioso organo opera del famoso Gaetano Callido, atestino.